O Rio das pedras é a mãe da comunidade; é o responsável pela existência, pela história e pelas tradições do povo da Boca do Rio. Sua nascente principal fica nos fundos do quartel do 19º BC do Exército, e só resiste devido à presença da unidade militar, que mantém preservada a mata em volta do quartel, usada como campo de treinamento. O Rio das Pedras foi dividido pela Avenida Luís Viana Filho (Paralela), a partir do Imbuí até desembocar na Praia da Boca do Rio, o rio alterna trechos de alta poluição, com outros que ainda oferecem condições de vida para a fauna e flora. Este rio é parte da vida e da história de todo um povo; matou a sede de indígenas, quilombolas e pescadores, banhou hippies, tropicalistas, comunistas e artistas, alem de alimentar gerações e gerações de pescadores e marisqueiros, com seus bagres enormes, guaiamus azulados e pitus suculentos.
A Bacia Hidrográfica do Rio das Pedras (e Pituaçu) possui uma área de drenagem de, aproximadamente, 27km2. A sua parte alta possui, em média, 170ha de florestas em estágio médio e inicial de regeneração. Na parte baixa, o Rio Pituaçu foi barrado em 1906, formando a Represa de Pituaçu, um lago com 200.000m2 de espelho d’água, antigo manancial de abastecimento, localizado dentro do Parque Metropolitano de Pituaçu. Este Parque possui área de 440ha, com cobertura vegetal de remanescentes do ecossistema de floresta ombrófila, integrante do bioma Mata Atlântica, além de grande variedade de árvores frutíferas.
Os Rios das Pedras e Pituaçu, por sua vez, se encontram nas proximidades da Represa de Pituaçu, seguindo juntos com o nome de Rio das Pedras até a foz, na praia da Boca do Rio. Ao passar pela 2ª ponte da Av. Octávio Mangabeira, próxima à embocadura, com o largo canal de retificação do seu leito, o Rio das Pedras aparenta grande volume, sobretudo quando da maré cheia (com uma progressiva adução de água salgada que avança rio adentro).
Nessa bacia há um equilíbrio entre os usos residenciais, não residenciais (parte do DINURB e CAB), e áreas de preservação ambiental. Nas áreas residenciais existe grande densidade demográfica, além de ocupação desordenada de encostas e vales. Para análise dos parâmetros bacteriológicos e físico-químicos, a Bacia foi contemplada com nove pontos amostrais, sendo analisados não só os rios principais (Pituaçu e Pedras), mas também seus principais afluentes, dentre eles, o Rio Saboeiro.
Os bairros inseridos nessa Bacia são atendidos pelo Sistema de Esgotamento Sanitário de Salvador. Existem ligações clandestinas de esgoto à rede pluvial, em função de dificuldades topográficas, resistência por parte de cidadãos em conectar seus imóveis à rede coletora de esgotamento sanitário, ocupação desordenada, com a existência de imóveis sobre galerias e canais de drenagem (como, por exemplo, a ocupação do canteiro central da Av. Edgard Santos), em fundos de vale e encostas gerando dificuldades de implantação da rede coletora de esgoto.
O Rio das Pedras perdeu seu mangue, em sua desembocadura as árvores nativas com suas raízes aéreas alimentavam as tilápias e nutriam a terra com suas folhas e frutos.
O rio já teve seu curso modificado pela ação do homem e da natureza, ele se dividia em dois braços (há versões que afirma que se dividia em três) e desembocava no mar em mais de um ponto. Segundo moradores antigos após um grande e poderoso inverno o movimento das dunas impediram a desembocadura do rio no mar e o trabalho de tratores abriu espaço onde hoje o Rio das Pedras se encontra com as águas do Atlantico.
